こちらを参考にさせていただきました。

WordPress Javascriptライブラリをテンプレートで使う作法

使っているテーマのheader.phpのwp_head()の前に

wp_enqueue_script( 'handle', 'src', 'deps', 'ver')

という関数を追加するだけで良いみたい。
例えばjQueryを使いたい時は

wp_enqueue_script('jquery'); // 小文字で

第1引数だけでほとんど大丈夫だと思います。

こういうブログもありました。

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